Profesor Joanna Niemiec jest autorem/współautorem 41 prac naukowych opublikowanych w krajowych i zagranicznych czasopismach naukowych oraz 84 doniesień na konferencjach krajowych i zagranicznych. Kierowała i uczestniczyła w realizacji projektów badawczych przyznanych przez Narodowe Centrum Nauki oraz Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Jest laureatką licznych nagród za prace naukowe, w tym prestiżowej Nagrody im. Hilarego Koprowskiego przyznawanej przez Polskie Towarzystwo Onkologiczne oraz nagrody za najlepszy poster na konferencji „World Congress on Controversies in Breast Cancer (CoBRA)” w Melbourne w Australii. Jest członkiem międzynarodowego zespołu redakcyjnego w czasopiśmie naukowym „Polish Journal of Pathology” oraz redaktorem Działu Biologia Molekularna, w czasopiśmie „Diagnostyka Laboratoryjna”. Ponadto pełni funkcję Prezesa Krakowskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Badań Radiacyjnych i jest członkiem Zarządu Krakowskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Onkologicznego.